Berdasarkan Renip UNISA Yogyakarta Tahun 2016-2035 Revisi, tahapan transformasi FST UNISA Yogyakarta memasuki tahap kedua yaitu tahap Berkembang fase kedua. Evaluasi hasil pencapaian Renstra tahap FST Tumbuh, masih terdapat banyak hal yang perlu diperbaiki dan disempurnakan untuk menjadi Universitas yang berwawasan kesehatan, unggul dan pilihan. FST UNISA Yogyakarta bertekad untuk membuat langkah-langkah berani, jika perlu melakukan lompatan dalam mengelola kegiatan pokok, yaitu pendidikan, penelitian, pengabdian pada masyarakat dan pengamalan Al Islam-Kemuhammadiyahan dengan dukungan organisasi dan SDM, sarana dan prasarana, teknologi serta keuangan.

Renstra FST UNISA Yogyakarta disusun dengan memperhatikan dan menyelaraskan Rencana Induk Pengembangan (Renip) UNISA serta isu strategis mengenai arah kebijakan dan perencanaan program pengembangan di FST UNISA Yogyakarta. FST UNISA Yogyakarta terus beranjak untuk mendapatkan kepercayaan yang tinggi dari masyarakat luas, hal ini dapat ditunjukkan dengan meningkatnya jumlah peminat dan berasal dari seluruh wilayah provinsi di Indonesia dan program pertukaran mahasiswa dengan PT luar negeri. Kondisi positif tersebut menjadi kekuatan bagi FST UNISA Yogyakarta dalam mengembangkan diri di tahap pengembangan selanjutnya.